Internet Explorerのお気に入りをまとめて削除するといった整理は、通常「お気に入り」→「お気に入りの整理」から行います。
しかし「お気に入りの整理」はウィンドウが小さいですし、操作性があまりよくありません。もっと本格的に整理したい場合は、エクスプローラで行う方が簡単です。
Shiftキーを押しながら「お気に入りの整理」を選択すると、一発でエクスプローラ上にお気に入りのフォルダが開かれます。

エクスプローラでお気に入りのフォルダを開きたいときは、Shiftキーを押しながら「お気に入り」→「お気に入りの整理」を選択すると、一発で開くことができます。

エクスプローラでフォルダを開けば、お気に入りやフォルダをまとめて削除したり、フォルダからフォルダへお気に入りをまとめて移動するといったことも簡単に行えます。